随着社会主义建设的一步步推进，萧宁渐渐明白芳釉教授说的“要看到长远的未来”的意义了。
1959年下半年，萧宁被分配参加京宸大学第一个原子反应堆的电气控制设计任务，他所在的自动控制系是保密系，其中有一个反应堆控制专业，萧宁领导该班一个毕业设计小组，进行该原子反应堆设备的供电和电气设备控制设计。
反应堆厂房群建筑于一块十分贫瘠的山村空地说，庞大的主厂房及其附属建筑物将要在这沙砾上拔地而起。萧宁要精心设计供电电源、室内供配电以及反应堆和辅助设备的电气控制、信号通信等。
首先是原理设计，其次是设备布置与施工配线设计，再次是管线选择与布置设计等。为了争取乘上火车，大家往往以百米赛跑的速度赶到火车站。这点可难不倒萧宁，他比学生泡的还快。
冬日的夜来得特别造，到南口已经过下午六点半了，由南口步行至工地至少要穿过丘地走一个小时的路。天很黑，山路崎岖不平，两旁净是酸枣荆棘。
反应堆临界前后的日日夜夜，各工种：机械、电气、给排水、通风、辐射测量、通信全面启动，主厂房大厅彻夜灯火通明，在萧宁周密部署下，立体作战。同志们在反应堆堆顶上度过了不眠的三天三夜，努力为核燃料的安装以及反应堆临界试验奠定了基础。这是中国高校第一个原子反应堆。与此同时，1964年10月16日，我国西部沙漠地区也升起了美丽的蘑菇云，我国庄严地向全世界宣告；中国拥有了自己的核武器！
萧宁还是核燃料化学专业班的班主任，学生们毕业前就参加了外国第一个原子核能工厂的工艺工程核过程分析的研究设计工作，毕业后多半都分配到我国首座建在大沙漠上的原子能工厂。当他们首次生产出我国新型的核燃料后，萧宁向他们祝贺，更向他们祝福。
此后，萧宁带学生去这座工厂实习时，看到当初在京宸读书的上海姑娘，湘桂川的辣妹子，东北、山东、华北的小伙子，虽然才30多岁，但一个个面孔黑了，额头上都增添了老年人才有的皱纹。他们长年工作在没有街道，没有霓虹灯，没有商场，没有繁华娱乐，没有城市公园，只有一眼望不到尽头的沙丘以及军事化生活的地方，望着这群自己的学生，萧宁心中久久不能平静，他们为祖国献出了青春，还要献出终身。当他们齐声说出“老师好”。“愿老师健康”时，萧宁脱口而出：“向我的学生致敬！愿你们健康，合家欢乐！”
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